Перша згадка про Вельтрусів датується 1052 роком, але достовірними можна вважати відомості лише з 1226 року. Це був привілей Пршемисла Отакара I, призначений для монастиря в Доксанах.
До 1410 року село належало церкві. Пізніше в місцевих маєтках дуже швидко змінювалися власники, розвиток часто був досить неясним. З XVII століття тутешні землі, включно з замком Вельтруські, належали родині Чотків. Вони володіли ними до 1945 р. У 1754 р. у Вельтрусах відбулася перша промислова виставка, на якій була присутня і імператриця Марія Терезія.
У 1899 році Вельтруси були піднесені до волості, з 1926 року Вельтруси були містечком, але в наступні роки знову втратили це привілеї. Лише у 1994 році Вельтруси нарешті стали містом.