Село Губенів виникло ймовірно внаслідок німецької колонізації. Згідно з архівними даними, старовинне село ще в 1366 році мало назву Гладов (в латинських документах — Steindorf), а первісні жителі займалися скотарством. Пізніше пасовища Гладов (Starý Hubenov) і Губенів (Nový Hubenov) стали власністю монастиря в Желіві.
Під час гуситських воєн власність желівського монастиря перейшла до родини Трчків із Липи. Потім Кріштоф Ярослав Трчка з Ліпи продав село Гладов і садибу Губенов Альбрехту з Ратіборжіц, який потім продав цю власність місту Їглава в 1599 році. Село було у власності міщан Їглави до 1848 року.
До шістдесятих років минулого століття село мало 36 описових номерів, з середини 60-х років 10 садиб були повністю перебудовані або заново побудовані, у сімдесятих роках так само розвивалося будівництво в Новому Губенові. Нині село має 61 описовий номер, постійно проживає 141 особа.
У 1953 році в селі засновано пожежну частину. У травні 1957 р. під час сильної бурі блискавка підпалила амбар № 17, а потім родинний будинок пана Фрідля та господарські будівлі в сусідній садибі пана Крупічки. Незважаючи на оперативне втручання вогнеборців, вогонь повністю знищив зазначені будівлі. Завдяки допомозі сусідів та власними зусиллями господар за кілька днів відбудував будинок.
У 1971 році громадські місця були змінені в обох частинах села. На очищених та озеленених територіях висаджено декоративні дерева та кущі, значно покращено екологію в селі.
Міський офіс можна знайти за адресою Губенов 8, район Їглава.