Село Беднарець розташоване на південно-західному краю Богемсько-Моравської височини в районі Їндржихув-Градец, за 10 км на північний схід від Їндржихув-Градця.
Село розташоване на північно-західному схилі над долиною річки Жировницької на висоті 530 м.н.р.м. Найвищою точкою на території муніципалітету є пагорб «Мислівна» висотою 592 м.н.р.м., найнижчою точкою є Жировницька долина висотою 475 м.н.м. Кадастрова територія муніципалітету має площу 781 га.
На території Беднарця є кілька цікавих місць, наприклад, каплиця Діви Марії в селі, каплиця, присвячена св. Анни при дорозі на Каменний Маліков, хрестовий камінь «На коліях» та інші малі сакральні пам’ятки. На берегах меандрів Жировницької річки знаходиться заповідник «Ліпина». Особливістю є траса залізничного полотна прямо над напівпричепом села по кількаметровому насипу. З верхньої частини села, яка називається «Копец», відкривається чудовий краєвид на найближчі та віддаленіші околиці: Йіндржихоградецько, Каменічко, а також Новоградські гори та Шумаву. З винятково гарною видимістю також можна побачити Альпи.
На схід від села в Черному лісі є каскад із чотирьох гарних ставків (Jílků malý, Šedivů, Obecní velgy та Obecní malý), нижче цього каскаду, далі на межі кадастрової території гміни, лежить Голубський став.